Храм строится по программе «200 храмов».
В 2012 году Синод Болгарской Православной Церкви обратился в Московский Патриархат с просьбой возвести в рамках «Программы-200» небольшую церковь для болгарской православной диаспоры и посвятить ее святителю Киприану, митрополиту Московскому, который был родом из Болгарии.
По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла был определен участок на улице Красного Маяка. Именно здесь проживает большая часть болгар, решивших связать свою судьбу с российской столицей.
25 июля 2013 года молебен и освящение закладного камня совершил Святейший Патриарх Болгарский, митрополит Софийский Неофит.
25 сентября 2013 года из Восточного Бирюлёво была перевезена небольшая часовня.
с 1 ноября по 31 декабря настоятель и староста при помощи добровольцев, своими руками построили небольшой временный храм, вмещающий около 100 человек.
4 января 2014 года был освящен временный храм в честь святителя Киприана митр. Московского.
С этого времени начались регулярные Богослужения.